Người ta cho rằng phần lớn của tất cả các protein là protein màng. Ví dụ, khoảng 1000 trong số ~ 4200 protein của E. coli được dự đoán là protein màng tế bào. Làm thí nghiệm định vị màng tế bào đã được xác nhận cho hơn 600 trong số đó. Việc định vị protein trong màng tế bào là rất đáng tin cậy do sử dụng các phương pháp phân tích phần kỵ nước của chuỗi protein, tức là định vị các trình tự axit amin kị nước.